(Esquerda) Adolfo César de Noronha; (Direita) Günther E. Maul.

Criado inicialmente como Museu Regional, abarcava para além da História Natural, a Etnografia e a Arqueologia. Contudo, e ao longo da sua existência, foi-se especializando cada vez mais na História Natural, sendo neste momento o seu âmbito exclusivo.

Com a inestimável acção do Doutor Günther E. Maul, eminente taxidermista e cientista de origem alemã, que desempenhou a função de Director entre 1943-1981, o Museu passou a dispôr de uma colecção cada vez maior de animais montados e outros espécimes biológicos e geológicos. Em 1957 foi inaugurado o Aquário, que foi construído graças a um donativo, concedido ao Museu pelo Sr. Charles L. Rolland, industrial norte-americano com interesses comerciais na Madeira. Em 1985, foram abertas as duas últimas salas do Museu assumindo, a partir daí, a sua forma actual.

No campo científico, possui uma vasta colecção de animais, plantas, rochas e fósseis para estudo, totalizando cerca de 37.500 exemplares.

O Museu edita duas publicações científicas, o ”Boletim do Museu Municipal do Funchal” desde 1945 e a “Bocagiana”, desde 1957, nas quais se publicam, anualmente, vários artigos sobre a História Natural da Macaronésia. Ambas as publicações, têm uma tiragem média de 450 exemplares que são distribuídos por permuta por mais de 380 institutos científicos e universidades em todo o mundo.