Para além dos exemplares em exposição, o Museu possui ainda uma colecção de estudo com mais de 37.500 registos de elementos pertencentes ao património natural do Arquipélago da Madeira (plantas, animais, fósseis, rochas e minerais). Um dos principais objectivos destas colecções é contribuir para a conservação, estudo e divulgação do património natural do Arquipélago da Madeira Devido ao espólio significativo e à sua importância no contexto biogeográfico, o herbário do Museu Municipal encontra-se registado no INDEX HERBARIORUM (adoptando a sigla MADM), uma organização internacional de herbários com sede no Jardim Botânico de Nova York (E.U.A). A colecção zoológica encontra-se também internacionalmente registada com a sigla MMF.

Colecções Científicas do Museu